5KD7-P-A

PDB Title CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE MHC-I H-2DD IN COMPLEX WITH MURINE BETA2- MICROGLOBULIN AND A VARIANT OF PEPTIDE (PV9) OF HIV GP120 MN ISOLATE (IGPGRAFYV)
Resolution (Å) 2.350
Classification IMMUNE SYSTEM

Protein

Description H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
Organism Mus musculus
Chain A
Length 273
Binding Area (Å2) 674.81
Molecular Weight 31777.01
Aromaticity 0.12
Instability 48.24
Isoelectric Point 5.50
Sequence SHSLRYFVTAVSRPGFGEPRYMEVGYVDNTEFVRFDSDAENPRYEPRARWIEQEGPEYWERETRRAKGNEQSFRVDLRTALRYYNQSAGGSHTLQWMAGCDVESDGRLLRGYWQFAYDGCDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAERDRAYLEGECVEWLRRYLKNGNATLLRTDPPKAHVTHHRRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQEMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQKYTCHVEHEGLPEPLTLRW

Peptide

Description Peptide (PV9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYV)
Organism Human immunodeficiency virus 1
Chain P
Length 9
Binding Area (Å2) 1067.50
Hydrophobic (% a.a.)
77%
Molecular Weight 979.13
Aromaticity 0.22
Instability 45.11
Isoelectric Point 8.75
Sequence IGPGRAFYV

Clustering Classification

Sequence cluster S 150
Contact cluster C0
Interface cluster I0

Similar complexes

Is the complex classified in the same cluster?

Complex Sequence cluster
(S150) 		Contact cluster
(C0) 		Interface cluster
(I0)
3e6f-P-A
1n2r-C-A
5weu-P-A
3e6h-P-A
3ecb-P-A
5kd7-H-F
1bii-P-A
1syv-C-A
1qo3-P-A
5t7g-P-A
5t7g-Q-C
3l3d-C-A
3l3g-C-A
3l3i-C-A
3l3j-C-A
1m6o-C-A
3x13-C-A
6d2t-C-A
2clz-M-H
4gks-C-A
6gh1-Z-G
2hjl-C-A
4jfp-F-D
2x4r-C-A
4nqv-M-A
3bzf-Q-C
4o2f-F-D
3gsq-P-A
4u1k-C-A
1agf-C-A
3kpl-C-A
4z78-C-A
1fzo-P-A
3lkq-C-A
5e8n-F-D
1i7r-C-A
3mre-P-A
5gr7-C-A
1k5n-C-A
3nfn-C-A
5hgd-F-D
3pwj-F-D
5jwe-R-E
1s7s-C-A
3rl2-C-A
5nq2-C-A
1s9w-C-A
3tbt-L-J
5u98-C-A
1tmc-C-A
3upr-P-A
1x7q-C-A
3vfv-C-A
5xos-C-A
2axf-C-A
3x14-C-A
6ei2-C-A
2dyp-C-A
4gks-F-D
6gh4-P-A
2hn7-C-A
4jfq-C-A
2x4r-F-D
4nqv-N-C
3c9n-C-A
4pg9-C-A
3gsr-P-A
4u1k-F-D
1b0g-C-A
3kpm-C-A
4z78-F-D
1g7p-P-A
3lkr-C-A
5e8n-I-G
1i7r-F-D
3mrf-P-A
5grd-C-A
1k8d-P-A
3oxr-C-A
5hgh-C-A
1nan-M-H
3pwl-C-A
5jwe-S-G
1s7t-C-A
3roo-E-A
5nq3-C-A
1s9x-C-A
3tbv-I-A
5u98-F-D
1tvb-C-A
3upr-Q-C
5wli-C-A
1xh3-C-A
3vfw-C-A
5xs3-C-A
2axg-C-A
6ewa-C-A
2fyy-C-A
4hs3-C-A
6gh4-Q-C
2mha-E-A
4jfq-F-D
2x4u-C-A
4nqv-Q-I
3cc5-C-A
4pge-C-A
3gsu-P-A
4u1l-C-A
1b0g-F-D
3kpn-C-A
4z78-I-G
1g7q-P-A
3lks-C-A
5e8n-L-J
1i7u-C-A
3mrg-P-A
5grg-C-A
1kj3-P-H
3oxs-C-A
5hhn-C-A
1nan-Q-L
3pwl-F-D
1s7t-F-D
3roo-F-C
5nq3-F-D
1s9y-C-A
3tbv-J-C
5v5l-E-A
1tvb-F-D
3utq-C-A
5wli-F-D
1xr8-C-A
3vj6-P-A
5ylx-C-A
2bsr-C-A
4e5x-C-A
6ewa-G-E
2fz3-C-A
4huu-C-A
6gh4-R-E
2mha-F-C
4jqv-B-A
2x4u-F-D
4nqv-R-K
3cc5-F-D
3ery-P-A
4pr5-C-A
3gsv-P-A
4u1l-F-D
3kpo-C-A
4zuu-C-A
1hhi-C-A
3ln4-C-A
5enw-C-A
1i7u-F-D
3mrh-P-A
1kj3-Q-I
3p4m-C-D
5hhp-C-A
1of2-C-A
3pwn-C-A
5meo-C-A
1s7u-C-A
3rwc-C-A
5swq-C-A
1sys-C-A
3tbv-K-E
5v5l-F-C
1tvh-C-A
3v5d-F-D
5wli-I-G
1xr9-C-A
3vri-C-A
2bss-C-A
4e5x-F-D
6ewo-C-A
2git-C-A
4huu-F-D
6gh4-Y-G
2nw3-C-A
4jqx-B-A
2xfx-C-A
4nqx-M-A
3ch1-C-A
3ery-Q-B
4pra-C-A
3gsw-P-A
4u1m-C-A
1duy-C-A
3kpp-C-A
4zuv-C-A
1hhi-F-D
3ln5-C-A
5eo0-C-A
1im3-C-A
3mri-P-A
5gsb-C-A
1kjm-P-A
3p4m-F-A
5hhq-C-A
1ogt-C-A
3pwn-F-D
5meq-C-A
1s7u-F-D
3rwc-F-D
5t6w-C-A
3tbv-L-G
5vcl-P-A
1tvh-F-D
3v5h-F-D
5wli-L-J
1ydp-P-A
3vrj-C-A
2bst-C-A
4f7m-C-A
6ewo-G-E
2git-F-D
4huv-C-A
2rfx-C-A
4k7f-C-A
2ypk-C-A
4nqx-N-C
3ch1-F-D
3fol-P-A
4prb-C-A
3gsx-P-A
4u1n-C-A
1duy-F-D
3kpq-C-A
4zuv-F-D
1hhj-C-A
3lv3-C-A
5eo1-C-A
1im3-G-E
3mrj-P-A
5gsd-C-A
1kjv-P-A
3p4n-C-D
5ib1-C-A
1osz-C-A
3pwu-C-A
5mer-C-A
1s7u-I-G
3rwe-C-A
5t6x-C-A
1t0m-P-A
3tbw-I-A
5vgd-C-A
1uxs-C-A
3v5k-C-A
5wmn-E-A
1yn6-C-A
3vxn-C-A
2bvo-C-A
4f7m-F-D
6gb5-E-A
2gt9-C-A
4huv-F-D
2v2w-C-A
4k7f-F-D
4nqx-Q-I
3ch1-I-G
3fom-P-A
4prd-C-A
6q3k-P-A
3h7b-C-A
4u1s-C-A
1duz-C-A
3kyn-P-A
5c0d-C-A
1hhj-F-D
3mgo-F-D
5eot-C-A
1im3-K-I
3mrk-P-A
5gsr-P-A
1kpu-P-A
3p4n-F-A
5ib2-C-A
1qew-C-A
3qfd-C-A
5mer-F-D
1s7u-L-J
3rwg-C-A
5t6y-C-A
1t0m-Q-D
3tbw-J-C
5vud-C-A
1uxw-C-A
3v5k-F-D
5wmn-F-C
1yn7-C-A
3vxp-C-A
2bvp-C-A
2bvq-C-A
4f7p-C-A
6gb5-F-C
2gt9-F-D
4hux-C-A
2v2w-F-D
4l8b-C-A
3bo8-C-A
4nqx-R-K
3ch1-L-J
3fon-P-A
4pre-C-A
3h7b-F-D
4u6y-P-A
1duz-F-D
3kyo-P-A
5c0e-C-A
1hhk-C-A
3mgo-I-G
5eu3-C-A
1im3-O-M
3mrl-P-A
5gsr-Q-C
1kpv-P-A
3p4o-C-D
5iek-C-A
3qfd-F-D
5mzm-C-A
1s7v-C-A
3rwi-C-A
1t0n-P-A
3tbw-K-E
5vue-C-A
1vac-P-A
3vcl-C-A
5wmo-C-A
1zhk-C-A
3vxp-F-D
3wl9-C-A
6a6h-C-A
2c7u-C-A
4f7t-C-A
2gtw-C-A
4hv8-E-A
2v2x-C-A
4l8d-E-A
3bp4-C-A
4nt6-C-A
6mt3-B-A
3cpl-E-A
3fon-E-C
4prn-C-A
1a1m-C-A
3h9h-C-A
4wdi-C-A
1e27-C-A
3kyo-Q-C
5c0g-C-A
1hhk-F-D
3mgo-L-J
5eu4-F-D
1inq-C-A
3mrm-P-A
5gsv-C-A
1ld9-C-A
3p4o-F-A
5im7-E-A
1qr1-C-A
3qq4-C-A
5mzm-F-D
1s7v-F-D
3skm-C-A
1t0n-Q-D
3tbw-L-G
5vuf-C-A
1vad-P-A
3vfm-C-A
5wmq-C-A
1zhl-C-A
3wlb-C-A
6amt-C-A
2c7u-F-D
4f7t-F-D
6gb7-I-C
2gtw-F-D
4hv8-F-C
6id4-T-E
2v2x-F-D
4l8d-F-C
3bp7-C-A
4o2c-C-A
6mt4-C-A
3cpl-F-C
3fqt-C-A
4qrq-C-A
1a1n-C-A
3h9h-F-D
4wdi-F-D
1eey-C-A
5c0i-C-A
1hoc-C-A
3mgt-F-D
5eu5-C-A
1jf1-C-A
3mrn-P-A
5gsx-F-D
1ld9-F-D
3p9l-C-D
5im7-F-C
1qr1-F-D
3quk-C-A
5n1y-C-A
1s7w-F-D
3sko-C-A
5trz-P-A
1t1w-C-A
3tby-C-A
5vvp-C-A
1vgk-C-A
3vfn-C-A
5wmr-C-A
1zsd-C-A
3ws3-E-A
6amt-F-D
2cik-C-A
6gb7-J-G
2gtz-C-A
4hwz-C-A
6id4-U-A
2vaa-P-A
4lcy-C-A
3bw9-C-A
4o2e-C-A
6mt5-C-A
3czf-C-A
3fqw-C-A
4qrs-C-A
1a1o-C-A
3hpj-C-A
4wu5-C-A
1eey-F-D
5c0j-C-A
1hsa-C-A
3mgt-I-G
5f1n-C-A
1jgd-C-A
3mro-P-A
5h94-F-D
1leg-P-A
3p9l-F-A
5ind-E-A
1qvo-C-A
3quk-F-D
5nmh-C-A
1s7w-I-G
3spv-C-A
5trz-Q-C
1t1x-C-A
3tby-F-D
5vwd-C-A
1w0v-C-A
3vfo-C-A
5wsh-C-A
1zt1-P-A
3ws3-F-C
6at5-C-A
2clr-C-A
6gb7-K-A
2gtz-F-D
4hx1-C-A
2vab-P-A
4lcy-J-F
3bwa-C-A
6mt6-B-A
3d18-C-A
3ft3-P-A
4qrt-C-A
1a9e-C-A
3hpj-F-D
4wu5-F-D
1eez-C-A
5d9s-C-A
1hsa-F-D
3mgt-L-J
5f7d-C-A
1jge-C-A
3mrp-P-A
5hga-C-A
1lek-P-A
3p9m-C-D
5ind-F-C
1qvo-F-D
3qul-C-A
5nmk-C-A
1s7w-L-J
3tbs-C-A
5ts1-P-A
1t1y-C-A
3tby-I-G
5vwf-C-A
1w0w-C-A
3vfp-C-A
5wwj-E-A
2a83-C-A
3ws6-E-A
6bxq-A-B
2clr-F-D
6gb7-L-E
2guo-C-A
4i4w-C-A
6ilc-C-A
2vll-C-A
4lnr-C-A
3bxn-C-A
6mtl-C-A
3d25-C-A
3ft4-P-A
4qru-C-A
1agb-C-A
3i6l-F-D
4xxc-B-A
1eez-F-D
5ddh-C-A
1hsb-C-A
3mr9-P-A
5fa3-C-A
1jht-C-A
3mrq-P-A
5hga-F-D
1lk2-P-A
3p9m-F-A
5j6h-F-A
1rjy-P-A
3qul-F-D
5npz-C-A
1s7x-F-D
3tbs-F-D
5ts1-Q-C
1t1z-C-A
3tby-L-J
5vwh-C-A
1wbx-C-A
3vfr-C-A
5wwj-F-C
2av1-C-A
3ws6-F-B
6d29-C-A
2clv-C-A
2guo-F-D
4jfo-C-A
2vll-F-D
4mj5-C-A
3bze-P-A
3dx6-C-A
3giv-C-A
4u1h-C-A
1agc-C-A
3ixa-C-A
4z76-F-D
1fzj-P-A
3lkn-C-A
5deg-C-A
1i1y-C-A
3mrb-P-A
5fa4-C-A
1jpf-C-A
3mrr-P-A
5hgb-C-A
1m05-E-A
3pab-C-D
5jwd-C-A
1rjy-Q-D
3qul-I-G
5nq0-C-A
1s7x-I-G
3tbt-C-A
5ts1-R-E
1t20-C-A
3tid-C-A
5vwj-C-A
1wby-C-A
3vfs-C-A
5wxc-E-A
2av1-F-D
3x11-C-A
6d2b-C-A
2clv-M-H
4g8i-C-A
2h6p-C-A
4jfo-F-D
2x4o-C-A
4nny-C-A
3bze-R-E
3dx7-C-A
4o2e-F-D
3giv-F-D
4u1i-C-A
1agd-C-A
3ixa-F-D
4z77-C-A
1fzk-P-A
3lko-C-A
5e00-C-A
1i1y-F-D
3mrc-P-A
1jpg-C-A
3myj-C-A
5hgb-F-D
1m05-F-C
3pab-F-A
5jwe-P-A
1rk1-P-A
3qul-L-J
5nq1-C-A
1s7x-L-J
3tbt-F-D
5ts1-S-G
1t21-C-A
3tie-C-A
5w6a-E-A
1wbz-P-A
3vft-C-A
5wxc-F-C
2av7-C-A
3x12-C-A
6d2r-C-A
2clz-C-A
4g9d-C-A
6gh1-P-A
2hjk-C-A
4jfp-C-A
2x4o-F-D
4no5-C-A
3bzf-P-A
3dx8-C-A
4o2f-C-A
3gso-P-A
4u1j-C-A
1age-C-A
3kla-C-A
4z77-F-D
1fzm-P-A
3lkp-C-A
5e8n-C-A
1i4f-C-A
3mrd-P-A
1juf-C-A
3myj-F-D
5hgd-C-A
3pwj-C-A
5jwe-Q-C
1s7q-C-A
3rl1-C-A
5nq1-F-D
1s8d-C-A
3tbt-I-G
5txs-C-A
1t22-C-A
3tie-F-D
5w6a-F-C
1wbz-Q-C
3vfu-C-A
5xmf-C-A
2av7-F-D
6npr-P-C
6npr-R-A
6j29-C-A
6jp3-C-A
6o4z-C-A
6pte-J-K
6j2a-C-A
6jp3-D-A
6o51-C-A
6pyj-C-A
4cvz-C-A
6j2d-C-A
6jq2-P-A
6o53-C-A
6pyl-C-A
6j2e-C-A
6jtn-C-A
6o9b-C-A
6pyv-C-A
5grg-D-A
5ymv-C-A
6j2e-F-D
6jto-C-A
6o9c-C-A
6pyw-C-A
5ymv-F-D
6h6d-C-A
6j2f-C-A
6jtp-C-A
6opd-C-A
6pz5-C-A
5ymw-C-A
6h6d-F-D
6j2f-F-D
3bev-C-A
6k7t-C-A
6p23-C-A
5ymw-F-D
6h6h-C-A
6j2g-C-A
6mpp-B-A
6p27-C-A
5ymw-I-G
6gb5-G-C
6h6h-F-D
6j2g-F-D
6p2c-C-A
6j2h-C-A
6p2f-C-A
4g42-C-A
6j2h-F-D
6p2s-C-A
4g42-F-D
6iex-C-A
6j2i-C-A
6pbh-C-A
4g43-C-A
6j2i-F-D
6ptb-F-D
4g43-F-D
6gb7-P-A
6irl-C-A
6j2j-C-A
6pte-C-A
6gb7-R-C
6j1v-C-A
6j2j-F-D
6pte-D-E
5gjx-C-A
6j1w-C-A
6joz-C-A
6o4y-C-A
6pte-G-H
5gjy-C-A