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Recherche et Projets

Faire avancer les frontières de la bioinformatique

Nous travaillons à l'interface du calcul et des sciences de la vie, en créant des méthodes, des algorithmes et des logiciels pour comprendre comment les biomolécules interagissent et fonctionnent.

Chaque axe de recherche avance avec l'ingénierie : beaucoup de nos projets produisent des outils et bases de données ouverts utilisés par la communauté scientifique dans le monde entier.

En cours

Projets actuels

Axes de recherche actifs et logiciels qui en sont issus. Le laboratoire suit un cycle recherche → outil → publication.

En cours

Atlas des interfaces peptide-protéine

Caractérisation structurale à grande échelle de complexes peptide-protéine, avec des signatures fondées sur des graphes pour soutenir la conception de peptides.

PeptidesInterfacesGraphes
Outils: Propedia2 · Propedia
Production: Propedia v2.3 (2023)
En cours

Structures d'interaction ARN-protéine

Organisation et analyse des structures d'interaction ARN-protéine dans une base de données publique, ouvrant la voie à de nouvelles découvertes.

ARNStructuresBase de données
Outils: RNApedia
Production: RNApedia (2024)
En cours

Contacts moléculaires analogues et optimisés

Détection, comparaison et optimisation des contacts dans les structures et complexes protéiques, afin d'accélérer l'analyse structurale.

ContactsStructuresAlgorithmes
Outils: VTR · COCaDA · nAPOLI
Production: COCaDA (2024) · VTR (2021)
En cours

Ingénierie enzymatique et effets des mutations

Modélisation de l'impact des mutations sur les protéines et enzymes, avec un accent sur les bêta-glucosidases et les variants d'intérêt biotechnologique.

EnzymesMutationsModélisation
Outils: Glutantbase · E-Volve · SSV · MutaGraph
Production: Glutantbase (2020) · E-Volve (2022)
En cours

IA pour la découverte de médicaments et de peptides

Modèles d'apprentissage automatique pour prioriser les candidats, prédire les interactions et accélérer le cycle de découverte. [Résumé à faire relire par le laboratoire]

Apprentissage automatiqueDécouverte de médicamentsPeptides
Production: Axe de recherche en expansion
En cours

Visualisation et logiciels scientifiques

Plateformes pour manipuler, normaliser et visualiser structures et mutations, rendant les données complexes accessibles et reproductibles.

VisualisationLogicielsReproductibilité
Outils: PDBest · VERMONT · Proteus
Production: PDBest · VERMONT · Proteus