Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR5558, F-69622 Villeurbanne, France.|Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR5558, F-69622 Villeurbanne, France.|LIRMM, Université de Montpellier, CNRS, Montpellier, France.|Department of Mathematics, Stockholm University, Stockholm, Sweden.|Department of Computer Science and Engineering, University of Connecticut, Storrs, CT, USA.|LIRMM, Université de Montpellier, CNRS, Montpellier, France.|Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR5558, F-69622 Villeurbanne, France.|LIRMM, Université de Montpellier, CNRS, Montpellier, France.|INRIA Grenoble Rhône-Alpes, F-38334 Montbonnot, France.|Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR5558, F-69622 Villeurbanne, France.|Department of Computational Biology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland.|Department of Computational Biology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland.|Department of Mathematics, Faculty of Science, University of Sarajevo, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina.|Virginia G. Piper Center for Personalized Diagnostics, Biodesign Institute, Arizona State University, Tempe, AZ, USA.|Laboratoire dAnalyse Bio-informatique en Génomique et Métabolisme CNRS-UMR 8030, Commissariat à lÉnergie Atomique (CEA), Institut de Génomique, Genoscope, Evry, France.|Department of Biochemistry, Genetics and Immunology, University of Vigo, Vigo, Spain.|Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Montpellier, France.|MTA-ELTE Lendület Evolutionary Genomics Research Group, Budapest, Hungary.|Department of Mathematics, National University of Singapore, Singapore, Singapore.|Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR5558, F-69622 Villeurbanne, France.|Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR5558, F-69622 Villeurbanne, France.