Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università degli Studi di Palermo, Palermo, Italy. Tel.: (+39) 091 238 91067, Fax: (+39) 091 238 91024, raffaele@math.unipa.it, Simona E. Rombo, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università degli Studi di Palermo, Palermo, Italy. Tel.: (+39) 091 238 91028, Fax: (+39) 091 238 91024, E-mail: simona.rombo@math.unipa.it, Filippo Utro, Computational Genomics Group, IBM T.J. Watson Research Center, Yorktown Heights, NY, USA. Tel.: (+1) 914 945 1549, Fax: (+1) 914 945 4217, E-mail: futro@us.ibm.com.