Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR_S 1136, Institut Pierre Louis dEpidémiologie et de Santé Publique, F-75013, Paris, France, INSERM, UMR_S 1136, Institut Pierre Louis dEpidémiologie et de Santé Publique, F-75013, Paris, France.|Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London, London, United Kingdom.|Inserm UMR 1181 Biostatistics, Biomathematics, Pharmacoepidemiology and Infectious Diseases (B2PHI), F-75015, Paris, France, Institut Pasteur, UMR 1181, B2PHI, F-75015, Paris, France, Univ. Versailles St Quentin, UMR 1181, B2PHI, F-78180 Montigny-le-Bretonneux.|Laboratoire MESuRS, Conservatoire National des Arts et Métiers, 75003, Paris, France.|Univ Paris-Sud, UMR 0320/UMR8120 Génétique Quantitative et Evolution-Le Moulon, F-91190, Gif-sur-Yvette, France.|Inserm UMR 1181 Biostatistics, Biomathematics, Pharmacoepidemiology and Infectious Diseases (B2PHI), F-75015, Paris, France, Institut Pasteur, UMR 1181, B2PHI, F-75015, Paris, France, Univ. Versailles St Quentin, UMR 1181, B2PHI, F-78180 Montigny-le-Bretonneux.|INSERM U1173, UFR Simone Veil, Versailles-Saint-Quentin University, 78180, Saint-Quentin en Yvelines, France, AP-HP, Hôpital Raymond Poincaré, Service de Microbiologie, F-92380, Garches, France.|ENS de Lyon, Université de Lyon, Laboratoire de lInformatique du Parallélisme (UMR CNRS 5668-ENS de Lyon-UCB Lyon 1), IXXI Rhône Alpes Complex Systems Institute, Lyon, France, Inria-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique, Montbonnet, France.|Inserm UMR 1181 Biostatistics, Biomathematics, Pharmacoepidemiology and Infectious Diseases (B2PHI), F-75015, Paris, France, Institut Pasteur, UMR 1181, B2PHI, F-75015, Paris, France, Univ. Versailles St Quentin, UMR 1181, B2PHI, F-78180 Montigny-le-Bretonneux, AP-HP, Raymond Poincare Hospital, F-92380 Garches, France.|Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR_S 1136, Institut Pierre Louis dEpidémiologie et de Santé Publique, F-75013, Paris, France, INSERM, UMR_S 1136, Institut Pierre Louis dEpidémiologie et de Santé Publique, F-75013, Paris, France, AP-HP, Hôpital Saint-Antoine, Département de Santé Publique, F-75571, Paris, France.|Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR_S 1136, Institut Pierre Louis dEpidémiologie et de Santé Publique, F-75013, Paris, France, INSERM, UMR_S 1136, Institut Pierre Louis dEpidémiologie et de Santé Publique, F-75013, Paris, France, AP-HP, Hôpital Saint-Antoine, Département de Santé Publique, F-75571, Paris, France.